Ως στέλεχος της Εθνικής Αντίστασης, ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης ανέλαβε σημαντικές πολιτικές πρωτοβουλίες προς την κατεύθυνση της συνεννόησης των αντιστασιακών οργανώσεων, της Εθνικής Οργάνωσης Κρήτης (ΕΟΚ) και του υπό κομμουνιστικό έλεγχο Εθνικού Απελευθερωτικού Μετώπου (ΕΑΜ), για την αποφυγή του εμφυλίου πολέμου. Κάτι που τελικά επετεύχθη μόνο στην Κρήτη.

Για τον σκοπό αυτό, στις 7 Νοεμβρίου 1943 υπεγράφη στο Θέρισσο συμφωνία μεταξύ των αντιστασιακών οργανώσεων ΕΟΚ και ΕΑΜ, την οποία διαπραγματεύθηκαν και υπέγραψαν ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης από την πλευρά της ΕΟΚ και ο Μιλτιάδης Πορφυρογένης από την πλευρά του ΕΑΜ. Αξιοσημείωτο είναι δε, ότι το κείμενο της συμφωνίας ήταν  γραμμένο από τον ίδιο τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη. Η Συμφωνία του Θερίσσου, εκτός από την εδραίωση ενός κλίματος αμοιβαίας συνεννόησης και συνεργασίας μεταξύ των εν λόγω αντιστασιακών οργανώσεων και την αποφυγή του εμφύλιου πολέμου στην Κρήτη, συνέβαλε επίσης, στην από κοινού ανάληψη πολιτικών πρωτοβουλιών, όπως η κοινή προκήρυξη προς τον κρητικό λαό, που εξέδωσαν η ΕΟΚ και το ΕΑΜ τον Ιανουάριο 1944 και η υπογραφή νέας συμφωνίας συνεργασίας στις 2 Απριλίου 1944 κατά τις εργασίες του Α' Παγκρητικού Συνεδρίου. Η συμφωνία αυτή, συμπληρώθηκε με την συμφωνία της Τρομάρισσας, η οποία υπεγράφη την 15 Σεπτεμβρίου 1944 στο αρχηγείο του ΕΑΜ και συνέβαλε πλήρως, στον παραμερισμό των ιδεολογικών αντιπαραθέσεων ανάμεσα στις δύο αντιστασιακές οργανώσεις και την εμπέδωση ενός κλίματος αμοιβαίου σεβασμού και συνεργασίας.

Στις 22 Νοεμβρίου 1945, ο Βρετανός Συνταγματάρχης Ντόλμπι, της Μονάδας 133 από το αρχηγείο της Μέσης Ανατολής, πρότεινε την παρασημοφόρηση του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη από τις Βρετανικές Αρχές για διακεκριμένες υπηρεσίες καθώς και την απονομή σ' αυτόν,  παράσημου ανδρείας. Η ίδια πρόταση υπήρξε και από τις Ελληνικές Αρχές.