1967-1974 Δικτατορία-Αντίσταση
Το βράδυ του πραξικοπήματος των συνταγματαρχών την 21η Απριλίου του 1967, συνελήφθη μεταξύ των πρώτων και μετεφέρθη με άλλους πολιτικούς ηγέτες στο Κέντρο Τεθωρακισμένων στο Γουδί. Από εκεί οδηγήθηκε την επομένη στο Πικέρμι και στη συνέχεια ετέθη υπό κατ' οίκον περιορισμό. Ο Μητσοτάκης ήταν ο πρώτος που πρότεινε σχηματισμό κυβέρνησης εθνικής ενότητας υπό τον Κωνσταντίνο Καραμανλή για να μεταβεί ομαλά η χώρα στη δημοκρατία, σε δήλωσή του για το "δημοψήφισμα" της χούντας το 1968. Με αφορμή τη δήλωση αυτή καταδιώχθηκε από τη χούντα και αναγκάστηκε να διαφύγει στο εξωτερικό. Την 15η Αυγούστου 1968 ξεκίνησε κρυφά με πλοιάριο από τη Ραφήνα, διέσχισε το Αιγαίο και έφθασε στην Τουρκία. Από εκεί μετέβη στο Παρίσι όπου θα παραμείνει εξόριστος για τα έξι επόμενα χρόνια. Η Δικτατορία έθεσε υπό κατ' οίκον περιορισμό την οικογένεια του και αρνήθηκε να της επιτρέψει την έξοδο από την Ελλάδα μέχρι τον Ιούνιο του 1969 οπότε και της χορηγήθηκε άδεια εξόδου. Η οικογένεια Μητσοτάκη ενώνεται και πάλι στο Παρίσι, όπου και παραμένει εξόριστη μέχρι το φθινόπωρο του 1973.
Ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης συνεργάστηκε στο εξωτερικό με όλες τις αντιστασιακές δυνάμεις και υπήρξε ο στενότερος συνεργάτης του Καραμανλή στο Παρίσι. Με την άρση του Στρατιωτικού Νόμου, τον Οκτώβριο του 1973, επέστρεψε στην Ελλάδα. Φυλακίστηκε ξανά από το καθεστώς Ιωαννίδη στις φυλακές Χανίων τον Ιούλιο του 1974. Η αποκατάσταση της Δημοκρατίας και η επιστροφή του Καραμανλή στην Ελλάδα τον βρήκαν στη φυλακή ξανά.
