Το Ιστορικό Αρχείο του Ιδρύματος διαφυλάσσει και διαχειρίζεται το προσωπικό αρχείο του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη και συγκεντρώνει αρχεία και συλλογές μελών της οικογένειάς του και πολιτικών του συνεργατών. Δημιουργήθηκε με σκοπό την έρευνα και τη μελέτη, διατίθεται αποκλειστικά για μη κερδοσκοπικούς σκοπούς κι αποτελεί πολύτιμη πηγή για την τεκμηρίωση τόσο της πολιτικής του δράσης και προσωπικότητας όσο και της νεότερης και σύγχρονης ιστορίας.
Περιλαμβάνει χαρτώο και φωτογραφικό υλικό, ηχητικά τεκμήρια και κινούμενη εικόνα. Περιέχει ηχητικές αυτοβιογραφικές μαρτυρίες του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη και συλλέγει προφορικές μαρτυρίες γι’ αυτόν.
Στόχος του Αρχείου είναι η ελεύθερη πρόσβαση σε ερευνητές, φοιτητές και κοινό, η στήριξη της επιστημονικής έρευνας και η μελέτη της περιόδου που έζησε ο Κωνσταντίνος Μητσοτάκης, μέσα από σύγχρονα εργαλεία ψηφιακής αναπαραγωγής και τεκμηρίωσης.
Μέρος της Ψηφιακής Συλλογής του Ιστορικού Αρχείου διατίθεται μέσω του SearchCulture.gr, του Εθνικού Συσσωρευτή Πολιτιστικού Περιεχομένου που αναπτύσσει το Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης και Ηλεκτρονικού Περιεχομένου (ΕΚΤ). Μέσω του SearchCulture.gr, τα τεκμήρια της συλλογής διατίθενται και στην ευρωπαϊκή ψηφιακή βιβλιοθήκη Europeana.